พื้นที่ที่เป็นเมืองโนโตะในปัจจุบันเดิมเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นโนโตะ ต่อมาหลังจากการฟื้นฟูเมจิ พื้นที่แห่งนี้ได้อยู่ภายใต้การปกครองของอำเภอฟูเงชิ จังหวัดอิชิกาวะ

วันที่ 1 มีนาคม ค.ศ. 2005 เมืองโนโตะและหมู่บ้านยานางิดะ ที่อยู่ในอำเภอฟูเงชิ และเมืองอูจิอูระที่อยู่ในอำเภอซูซุ ได้ควบรวมกันกลายเป็นเมืองโนโตะ โดยหลังจากควบรวมได้มีการเปลี่ยนแปลงคันจิจาก 能都 เป็น 能登 แต่การออกเสียงยังคงเหมือนเดิม และนอกจากนี้ในวันเดียวกัน อำเภอฟูเงชิก็ได้รวมกับอำเภอซูซุ เพื่อตั้งเป็นอำเภอโฮซุ ทำให้เมืองโนโตะอยู่ภายใต้การปกครองของอำเภอโฮซุ